Поздний период: 1990—2001

В декабре 1991 года, вместе с Эриком Клэптоном Харрисон дал серию ярких концертов в Японии. Это был первый тур Харрисона после американского тура 1974 года. Несмотря на его успех, Харрисон более не совершал сольных концертов. На основе концертов японского тура был издан альбом «Live in Japan». В октябре 1992 года, Харрисон исполнил три песни («If Not for You», «Absolutely Sweet Marie» и «My Back Pages») на огромном концерте на Мэдисон-Сквер-Гарден в Нью-Йорке, посвящённому тридцатилетию музыкальной карьеры Боба Дилана.

В 1996 году, вместе с Карлом Перкинсом, Харрисон записал и спродюсировал песню «Distance Makes No Difference With Love».

В 1997 году Харрисон в последний раз появился на телевидении; сделал он это с целью раскрутки альбома «Chants of India», выпущенного в сотрудничестве с Рави Шанкаром. Интервью с Харрисоном провел известный американский телеведуший и юморист Джон Фугельзанг, работавший тогда на музыкально-развлекательном телеканале VH1. В ходе интервью, Харрисону преподнесли гитару и когда кто-то из аудиенции попросил его сыграть «какую-нибудь песню Beatles», Харрисон, грозно на него взглянув, ответил «Не думаю, что я знаю хоть одну!». Поле этого Харрисон спел «All Things Must Pass» и «Any Road», песню, которая в 2002 году вышла на посмертном альбоме Харрисона «Brainwashed».

В январе 1998 года Харрисон присутствовал на похоронах своего детского кумира Карла Перкинса. Во время похоронной церемонии, Харрисон исполнил песню Перкинса «Your True Love». В том же году, Харрисон принял участие в похоронах Линды Маккартни и сыграл на гитаре в двух песнях с альбома Ринго Старра «Vertical Man».

В декабре 1999 года, Харрисон выжил после нескольких ножевых ранений, полученных в результате атаки сумасшедшего. Вечером 30 декабря 1999 года, Майкл Абрам проник в поместье Харрисона Friar Park и нанёс Джорджу ряд ножевых ранений в грудь. Спасла Джорджа его жена Оливия, обезвредившая преступника и передавшая его полиции. Майкл Абрам полагал, что был послан Богом для исполнения особой миссии, заключавшейся в убийстве Харрисона. Позднее он был признан сумасшедшим и помещён в психиатрическую больницу строгого режима. Спустя 19 месяцев, в 2002 году, Майкл Абрам был отпущен на свободу.

В 2001 году Харрисон принял участие в записи альбома «Electric Light Orchestra» «Zoom». Харрисон также сыграл на гитаре в песне «Love Letters» группы Билла Уаймэна «Rhythm Kings», и записал и восстановил неизданные композиции «The Traveling Wilburys». Вместе со своим сыном Дхани, Харрисон записал песню «Horse to the Water». Сессия записи этой песни, состоявшаяся 2 октября 2001 года, оказалась последней в жизни Харрисона. «Horse to the Water» вышла на альбоме Джулса Холланда «Small World, Big Band».

Работу над последним альбомом Харрисона «Brainwashed» завершили Дхани Харрисон и Джефф Линн. В продажу альбом вышел 18 ноября 2002 года. Музыкальные критики благосклонно встретили посмертный альбом Харрисона, а в чарте Billboard он достиг 18-го места. Сингл «Stuck Inside a Cloud» часто проигрывался на радиостанциях США и Великобритании и занял 27-е место на Billboard’s Adult Contemporary chart, а сингл «Any Road», изданный в мае 2003 года, попал на 37-е место в британских чартах. Композиция «Marwa Blues» в 2004 году получила премию «Грэмми» за «лучшую инструментальную композицию», а сингл «Any Road» был номинирован в категории «лучшее мужское вокальное исполнение».